Dune II sentó las bases para el género de los RTS tal y como hoy en día los conocemos. La trama se centraba en una casa, la casa de Ordos, inédita en las novelas o la misma película y no compartía ningún vínculo con la historia de la primera entrega. El sistema de juego aportó numerosos novedades que más tarde serían estándar para cualquier RTS